Felipe quay trở lại Navarra vào năm 1342 và một lần nữa vào năm 1343 như một phần cho sự chuẩn bị tham gia cuộc thập tự chinh chống lại nhà nước Hồi giáo Granada. Ông cảm thấy đây là nghĩa vụ của mình với tư cách là người cai trị một vương quốc trên bán đảo Iberia.[39] Các nhà chức trách của Felipe đảm bảo rằng các thần dân Hồi giáo của riêng ông ở Tudela sẽ không bị quấy rầy bởi đạo quân thập tự của ông.[40] Felipe đi đến nơi xảy ra cuộc bao vây Algeciras vào tháng 7 năm 1343 cùng với 100 hiệp sĩ và 300 lính bộ binh, nhưng quan trọng hơn cả lực lượng quân sự nhỏ bé này lại sở hữu lượng lớn đồ dự trữ—thịt, lúa mạch, thịt xông khói và rượu—mà ông đã gửi từ vịnh Biscay. Khi Gaston II của Foix, một đồng minh của Navarra trong trận chiến năm 1335 từ bỏ cuộc bao vây vào cuối tháng 8, Gaston đã cố gắng thuyết phục Felipe không nên tiến sâu thêm vào.[41]

Theo một số thông báo vào đầu tháng 9, tình trạng sức khỏe của Felipe xấu đi sau khi bị thương bởi một mũi tên. Các y sĩ của Alfonso XI khuyên Felipe nên thay đổi chế độ ăn uống của mình. Tuy nhiên, vị vua Navarra thích lời khuyên từ bác sĩ riêng của mình, người đã khuyên bảo ông hãy tiếp tục ăn thịt, uống rượu và rút khỏi cuộc bao vây.[41] Ông đã nghe theo lời và rút lui, nhưng đã không đi xa hơn Jerez de la Frontera, và qua đời tại đó vào ngày 16 tháng 9 năm 1343.[24] Thi thể của ông đã được đưa về Pamplona để chôn cất,[42] mặc dù tim của ông đã được chôn cất tại nhà thờ Couvent des Jacobins ở Paris nhưng hiện đã bị phá hủy. Người vợ góa của ông, nữ vương Juana, đã nhận được thư chia buồn từ giáo hoàng Clêmentê VI (trước kia là Pierre-Roger) vào tháng 11.[41] Thành phố Algeciras đã bị thất thủ vào tháng 3 năm 1344.[43] Juana tiếp tục tại vị một mình cho đến khi bà cũng qua đời vào năm 1349, sau đó vương miện được trao cho người con trai lớn nhất còn sống của họ, Carlos II.[44]